То есть в течении 2х лет он находиться в РФ не легально

Обращаться нужно в ОВМ (отдел по вопросам миграции) по месту нахождения вашего предполагаемого адресу пребывания.

Обязанность регистрации при наличии патента прописана в следующих законах.

Федеральный закон от 25.07.2002 N 115-ФЗ
(ред. от 17.04.2017)
«О правовом положении иностранных граждан в Российской Федерации»

Статья 5. Временное пребывание иностранных граждан в Российской Федерации
1. Срок временного пребывания иностранного гражданина в Российской Федерации определяется сроком действия выданной ему визы, за исключением случаев, предусмотренных настоящим Федеральным законом.
Срок временного пребывания в Российской Федерации иностранного гражданина, прибывшего в Российскую Федерацию в порядке, не требующем получения визы, не может превышать девяносто суток суммарно в течение каждого периода в сто восемьдесят суток, за исключением случаев, предусмотренных настоящим Федеральным законом, а также в случае, если такой срок не продлен в соответствии с настоящим Федеральным законом. При этом непрерывный срок временного пребывания в Российской Федерации указанного иностранного гражданина не может превышать девяносто суток.
(в ред. Федеральных законов от 28.12.2013 N 389-ФЗ, от 30.12.2015 N 466-ФЗ)
Срок временного пребывания в Российской Федерации иностранного гражданина, прибывшего в Российскую Федерацию в порядке, не требующем получения визы, и являющегося высококвалифицированным специалистом, и срок временного пребывания в Российской Федерации членов его семьи определяются сроком действия разрешения на работу, выданного такому высококвалифицированному специалисту в соответствии со статьей 13.2 настоящего Федерального закона.
(абзац введен Федеральным законом от 20.03.2011 N 42-ФЗ)
2. Временно пребывающий в Российской Федерации иностранный гражданин обязан выехать из Российской Федерации по истечении срока действия его визы или иного срока временного пребывания, установленного настоящим Федеральным законом или международным договором Российской Федерации, за исключением случаев, когда на день истечения указанных сроков ему продлены срок действия визы или срок временного пребывания, либо ему выданы новая виза, или разрешение на временное проживание, или вид на жительство, либо у него приняты заявление и иные документы, необходимые для получения им разрешения на временное проживание в порядке, предусмотренном статьей 6.1 настоящего Федерального закона, либо у него принято заявление о выдаче уведомления о возможности приема в гражданство Российской Федерации иностранного гражданина, признанного носителем русского языка в соответствии со статьей 33.1 Федерального закона от 31 мая 2002 года N 62-ФЗ «О гражданстве Российской Федерации», или заявление о выдаче вида на жительство, либо федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим правоприменительные функции, функции по контролю, надзору и оказанию государственных услуг в сфере миграции (далее — федеральный орган исполнительной власти в сфере миграции), принято ходатайство работодателя или заказчика работ (услуг) о привлечении иностранного гражданина к трудовой деятельности в качестве высококвалифицированного специалиста или заявление работодателя или заказчика работ (услуг) о продлении срока действия разрешения на работу, выданного такому высококвалифицированному специалисту в соответствии со статьей 13.2 настоящего Федерального закона, либо ходатайство образовательной организации, в которой иностранный гражданин обучается по очной или очно-заочной форме по основной профессиональной образовательной программе, имеющей государственную аккредитацию, о продлении срока временного пребывания в Российской Федерации такого иностранного гражданина.
3. Срок временного пребывания иностранного гражданина в Российской Федерации может быть соответственно продлен либо сокращен в случаях, если изменились условия или перестали существовать обстоятельства, в связи с которыми ему был разрешен въезд в Российскую Федерацию. Срок временного пребывания иностранного гражданина в Российской Федерации сокращается в случае принятия в отношении его в установленном порядке решения о неразрешении въезда в Российскую Федерацию, а также в иных случаях, предусмотренных федеральным законом.
4. Решение о продлении либо сокращении срока временного пребывания иностранного гражданина в Российской Федерации принимается федеральным органом исполнительной власти, ведающим вопросами иностранных дел, или федеральным органом исполнительной власти в сфере миграции или его территориальными органами.
Порядок принятия решения о продлении либо сокращении срока временного пребывания иностранного гражданина в Российской Федерации устанавливается соответственно федеральным органом исполнительной власти, ведающим вопросами иностранных дел, и федеральным органом исполнительной власти в сфере миграции.
5. Срок временного пребывания иностранного гражданина продлевается при выдаче иностранному гражданину разрешения на работу либо при продлении срока действия разрешения на работу в соответствии со статьей 13.2 или 13.5 настоящего Федерального закона.
Срок временного пребывания в Российской Федерации иностранного гражданина продлевается при выдаче иностранному гражданину патента, при продлении срока действия патента или при переоформлении патента в соответствии со статьей 13.3 настоящего Федерального закона, за исключением случаев, предусмотренных настоящим Федеральным законом.
Не допускается продление срока временного пребывания иностранного гражданина в соответствии с абзацами первым — третьим настоящего пункта для иностранных граждан, прибывших в Российскую Федерацию в порядке, не требующем получения визы, и осуществляющих трудовую деятельность в соответствии со статьей 13.3 настоящего Федерального закона, если в соответствии с межправительственными соглашениями о взаимных безвизовых поездках граждан такие иностранные граждане для въезда в Российскую Федерацию в целях осуществления трудовой деятельности свыше сроков, установленных такими межправительственными соглашениями, обязаны получать визу.
В случае, если срок действия имеющегося у иностранного гражданина патента не был продлен либо выданный ему патент был аннулирован, данный иностранный гражданин в случае истечения срока его временного пребывания в Российской Федерации обязан выехать из Российской Федерации.
6. Срок временного пребывания в Российской Федерации иностранного гражданина, прибывшего в Российскую Федерацию и поступающего на военную службу по контракту, устанавливается в порядке, определяемом Правительством Российской Федерации.
Также 

 Федеральный закон от 18.07.2006 N 109-ФЗ
(ред. от 28.11.2015)
«О миграционном учете иностранных граждан и лиц без гражданства в Российской Федерации»

При наличии патента регистрация по месту пребывания.

Статья 20. Обязательность учета иностранных граждан по месту пребывания
1. Иностранный гражданин в случае нахождения в месте пребывания обязан встать на учет по месту пребывания в порядке и на условиях, которые установлены в соответствии с настоящим Федеральным законом или международным договором Российской Федерации.
2. Постановке на учет по месту пребывания подлежат:
1) постоянно проживающий в Российской Федерации иностранный гражданин — по истечении семи рабочих дней со дня прибытия в место пребывания, за исключением случаев, когда указанный иностранный гражданин:
а) не имеет места жительства;
б) находится в гостинице или в иной организации, оказывающей гостиничные услуги, в санатории, доме отдыха, пансионате, кемпинге, на туристской базе, в детском оздоровительном лагере, медицинской организации, оказывающей медицинскую помощь в стационарных условиях, или организации социального обслуживания;
в) осуществляет трудовую деятельность в условиях работы вахтовым методом;
г) находится в организации социального обслуживания, предоставляющей социальные услуги лицам без определенного места жительства;
д) находится в учреждении, исполняющем административное наказание;
2) временно проживающий или временно пребывающий в Российской Федерации иностранный гражданин — по истечении семи рабочих дней со дня прибытия в место пребывания, за исключением случаев, когда указанный иностранный гражданин:
а) находится в гостинице или в иной организации, оказывающей гостиничные услуги, в санатории, доме отдыха, пансионате, кемпинге, на туристской базе, в детском оздоровительном лагере, медицинской организации, оказывающей медицинскую помощь в стационарных условиях, или организации социального обслуживания;
б) находится в организации социального обслуживания, предоставляющей социальные услуги лицам без определенного места жительства;
в) находится в учреждении, исполняющем административное наказание.
3. Уведомление о прибытии иностранного гражданина в место пребывания должно быть представлено в орган миграционного учета принимающей стороной или в случаях, предусмотренных частями 3, 3.1 и 4 статьи 22 настоящего Федерального закона, непосредственно данным иностранным гражданином:
1) не позднее семи рабочих дней со дня его прибытия в место пребывания — в случае, если данный иностранный гражданин постоянно проживает в Российской Федерации;
2) не позднее семи рабочих дней со дня его прибытия в место пребывания — в случае, если данный иностранный гражданин временно проживает или временно пребывает в Российской Федерации;
3) в течение одного рабочего дня, следующего за днем его прибытия в место пребывания, — в случаях, предусмотренных подпунктами «а» — «д» пункта 1 и подпунктами «а» — «в» пункта 2 части 2 настоящей статьи.
3.1. В случаях, предусмотренных подпунктами «а» — «д» пункта 1 и подпунктами «а» — «в» пункта 2 части 2 настоящей статьи, принимающая сторона или в случаях, предусмотренных частями 3, 3.1 и 4 статьи 22 настоящего Федерального закона, иностранный гражданин обязаны уведомить орган миграционного учета о прибытии в место пребывания иностранного гражданина, прибывшего в место пребывания в нерабочий день (в том числе в один из дней в течение нескольких нерабочих дней), в течение одних суток, являющихся рабочим днем и следующих непосредственно за нерабочим днем (за несколькими нерабочими днями).

Остались вопросы пишите и удачи!