Мне 28 лет, была отсрочка( т.к. Родился второй ребёнок) до конца призывного возраста, и ссылаясь на то что я не

Справка выдается только, если Вы не прошли службу по неуважительным причинам, т.е. уклонились, а это не так в Вашем случае. Это прямо вытекает из Постановления Правительства РФ от 11 ноября 2006 г. N 663 «Об утверждении Положения о призыве на военную службу граждан Российской Федерации» (с изменениями и дополнениями)

п.34 

 а для граждан, не состоявших на воинском учете, на основании справок соответствующих военных комиссариатов муниципальных образований выносит заключение о том, что гражданин не прошел военную службу по призыву, не имея на то законных оснований.

Такое заключение выносится, если гражданин не проходил военную службу, не имея на то законных оснований, начиная с 1 января 2014 г., при этом состоял (обязан был состоять) на воинском учете и подлежал призыву на военную службу.

А у Вас были законные основания. Тут Вас вводят в заблуждение пугая справкой.

На основании Федеральный закон от 28.03.1998 N 53-ФЗ  «О воинской обязанности и военной службе»

Статья 52. Зачисление в запас

1. Запас Вооруженных Сил Российской Федерации создается из числа граждан:

не прошедших военную службу в связи с освобождением от призыва на военную службу;

 4. Гражданин, пребывающий в запасе, проходит медицинское освидетельствование для определения его годности к военной службе в соответствии со статьей 5.1 настоящего Федерального закона.

Да, но я ходил в военкомат, повестки приходили в конце призыва, давали направление на прохождение доп.врачей.

 Т.е. до рождения второго ребенка Вам ни одна повестка под роспись не вручалась?

Место жительства Вы не меняли?