Добрый день.
В соответствии с п. 4.2, 5.1, пп «б» п. 6.3 контракта:
4.2. Срок окончания выполнения работ: не позднее 30 ноября 2023 года. Датой окончания выполнения работ считается дата подписания Заказчиком акта о приёмке выполненных работ в электронной форме (документ о приемке в ЕИС).
5.1. Подрядчик в течение 5 (пяти) рабочих дней с момента завершения выполнения работ формирует с использованием единой информационной системы...
6.3. Оплата по Контракту осуществляется Заказчиком после представления и надлежащего оформления Исполнителем следующих документов:
…
б) документ о приемке в электронном виде в ЕИС (https://zakupki.gov.ru/) в порядке и сроках, указанных в разделе 5 настоящего Контракта...
Частично оплатить работы без электронного акта вы не сможете, а его подпись противоречит п. 4.2, т.к. его подписание — это событие, которое приводит к окончанию выполнения работ.
Дополнительных условий про частичную оплату выполненных работ или частичную приемку в контракте мной не найдено.
Если подрядчик выставит акт в ЕИС для частичной оплаты, то откажите ему в приёмке в порядке п. 5.9, сославшись на указанные пункты.
Удачи Вам!