Занимаюсь разработкой программного обеспечения и последующей его продажей (продажей лицензий) подскажите пожалуйста

Добрый день, 

Ответ зависит от ситуации. Если речь о предоставлении сублицензий конечным пользователям, то российский интегратор на УСН не платил и не будет платить НДС. Иначе обстоят дела с НДС при покупке лицензии у зарубежного поставщика. Есть два варианта верных варианта ответа с учетом особенностей лицензируемого ПО и фактических условий его предоставления в пользование.

1. НДС по услугам в электронной форме
Здесь в роли лицензируемого программного обеспечения выступает некий зарубежный сервис, к которому предоставляется дистанционный доступ. К отношениям зарубежного правообладателя (вендора) и первого российского покупателя лицензии (в данном случае интегратора) применяются положения ст. 174.2 НК РФ.

Иностранная организация, предоставляющая лицензию на сервис, должна встать на учет для целей НДС в России (п.4.6. ст.83 НК РФ) и самостоятельно подавать декларации.

С 21 года освобождение от НДС будет предоставляться только в случаях реализации прав на ПО включенное в Единый реестр российских программ и баз данных. Программное обеспечение иностранного происхождения на текущий момент не может включаться в данный Реестр. Поэтому иностранная организация не сможет использовать «льготу» по НДС на основании пп.26 п.2 ст.149 НК РФ и вынуждена будет платить российский НДС.

Российский покупатель в данной ситуации освобожден от обязанности налогового агента на основании п.3 ст.174.2 НК РФ. Он не несет ответственность в случаях, когда иностранная организация отказалась от постановки на учет или не заплатила НДС с реализации лицензий российскому покупателю.

2. НДС по лицензии на загружаемое ПО
Если речь идет о «загружаемом» ПО, т.е. программном обеспечении, которое предоставляется пользователю для размещения на его оборудовании, действует общая норма пп.1 п.1 ст.148 НК РФ. Специальные положения ст.174.2, снимающие с покупателя лицензии обязанности налогового агента, в данном случае не применяются.

Поэтому покупатель (в нашем случае интегратор) в качестве налогового агента должен исчислить и уплатить НДС из суммы к перечислению зарубежному правообладателю на основании ст.161 НК РФ. При этом применяемая покупателем система налогообложения (УСН) не имеет значения, поскольку он платит не свой налог, а за иностранного вендора.