Здравствуйте, работал на ИП, устроился в июне, уволился в сентябре, вчера была инвентаризация недостача 40т.р

Здравствуйте, Уважаемый пользователь сайта.

У работодателя есть право обратиться в суд по спорам о возмещении работником убытков в течение одного года со дня обнаружения причиненного ущерба (ст. 392 ТК РФ).

В сложившейся ситуации без обращения в суд, наверное, нельзя, так как материальный ущерб, который Вам вменяют, при недобросовестности и неисполнения работодателем обязанности по обеспечению надлежащих условий для хранения имущества, вверенного работнику на основании, статьи 239 ТК РФ и обстоятельствах исключают материальную ответственность работника. 

Также, судебная практика Вам в помощь, Определение судебной коллегии по гражданским делам ВС РФ от 8 июля 2019 г. №5-КГ19-76

… работодателем не представлены доказательства того, что товар на данную сумму был вверен непосредственно истцам...., также, если работодателем не предоставлены доказательства,… о совершении работником виновных действий, дающих основания для утраты доверия к работнику и подтверждающие его причастность и вину не обоснованы.....

Таким образом, Вам необходимо исключить межличностные отношения, инвентаризация должна юридически фиксируется и предоставляется работнику для ознакомления. У работника есть право оспорить требования работодателя и акт инвентаризации в письменном претензионном порядке и в судебном порядке.

Доброго Вам дня