через дарственную (мне маме или наоборот) автоматически внести эти доли долей как "ничтожные" или что-то в этом роде созвучное

Но вот её доли на имущество, в т ч на квартиру, забыли зарегистрировать, а сроки давно прошли.

 Маме нотариус выдал свидетельство о праве на наследство?

 Если такое свидетельство маме не было выдано, но она на момент смерти наследодателя проживала и была зарегистрирована в одном жилом помещении с ним, то достаточно представить нотариусу справку из УК об этом и получить свидетельство о праве на наследство, на основании которого произвести регистрацию права в ЕГРН. Даже в суд обращаться не нужно.

Если мама прописана в этой же квартире то она в праве оформить наследство в любое время. Пусть обращается к нотариусу. Он выдаст свидетельство о праве на наследство даже спустя несколько лет. 

Дарственную в данном случае сделать нельзя, именно потому что доля не зарегистрирована в Росреестре. И признать 1\3 незначительной тоже вряд ли получится. Ст. 252 ГК РФ.

Обращайтесь к нотариусу, у вас все можно сделать через того же нотариуса

Добрый день.

Для приобретения наследства наследник должен его принять. Способы принятия указаны в статье 1153 ГК РФ

Признается, пока не доказано иное, что наследник принял наследство, если он совершил действия, свидетельствующие о фактическом принятии наследства, в частности если наследник:

вступил во владение или в управление наследственным имуществом

Как сказано в пункте 36 Постановление Пленума Верховного Суда РФ от 29.05.2012 N 9 «О судебной практике по делам о наследовании»

Под совершением наследником действий, свидетельствующих о фактическом принятии наследства, следует понимать совершение предусмотренных пунктом 2 статьи 1153 ГК РФ действий, а также иных действий по управлению, распоряжению и пользованию наследственным имуществом, поддержанию его в надлежащем состоянии, в которых проявляется отношение наследника к наследству как к собственному имуществу.

В качестве таких действий, в частности, могут выступать: вселение наследника в принадлежавшее наследодателю жилое помещение или проживание в нем на день открытия наследства (в том числе без регистрации наследника по месту жительства или по месту пребывания), обработка наследником земельного участка, подача в суд заявления о защите своих наследственных прав, обращение с требованием о проведении описи имущества наследодателя, осуществление оплаты коммунальных услуг, страховых платежей, возмещение за счет наследственного имущества расходов, предусмотренных статьей 1174 ГК РФ, иные действия по владению, пользованию и распоряжению наследственным имуществом.