В заявлении на загранпаспорт есть пункт с ограничениями под который я подпадаю, я правильно понимаю что меня все равно будут проверять, даже если укажу что не подпадаю под это ограничение?

Добрый день.

являюсь уклонистом, т.к был призван на военную службу и не прибыл к месту отправления на нее, сейчас нахожусь за границей и нужно получить новый загранпаспорт, с какой вероятностью мне выдадут?

 С учетом сказанной информации есть вероятность отказа в его выдаче.

Вы верно отметили, что основанием для отказа в выдаче заграничного паспорта является ст. 15 ФЗ  от 15.08.1996 N 114-ФЗ «О порядке выезда из Российской Федерации и въезда в Российскую Федерацию»

Право гражданина Российской Федерации на выезд из Российской Федерации может быть временно ограничено в случаях, если он:
2) в соответствии с законодательством Российской Федерации призван на военную службу

Лицо, считается призванным на военную службу, когда в отношении него в силу ст. 28 Закона «О воинской обязанности и военной службе» призывная комиссия приняла решение о призыве и выдал повестку о явке к месту сбора для отправки для прохождения военной службы.

Постановление Правительства РФ от 11.11.2006 N 663 «Об утверждении Положения о призыве на военную службу граждан Российской Федерации» прямо отмечает, что 

16. Призывнику, в отношении которого принято решение о призыве на военную службу, вручается повестка о явке его в назначенный срок в военный комиссариат муниципального образования (муниципальных образований) для отправки к месту прохождения военной службы.

Таким образом, если Вам председатель призывной комиссии объявил решение о призыве и Вам была вручена повестка о явке для отправки к месту прохождения военной службы — Вы считаетесь призванным на военную службу и Вам может быть отказано в выдаче заграничного паспорта.