Скажите насколько правомерно действие руководителя?

Добрый день, Анастасия! 
В данном случае необходимо различать трудовые отношения, возникающие в случае заключения трудового договора между работником и работодателем, и отношения гражданско-правового характера. ГПХ — договор гражданско-правового характера.
Гражданско-правовой договор — соглашение, по которому исполнитель обязуется выполнить конкретную работу или оказать услугу, а заказчик — ее оплатить. То есть в отличие от трудового договора в том, что заказчик покупает не рабочее время человека, а результат труда. А как достигнуть результата, он (исполнитель) решает сам.
В частности, в договор ГПХ не нужно включать основные пункты трудового договора: режим и график работы, место работы, социальный пакет. По договору ГПХ должен оплачиваться результат (подтвержденный документами, на основании которых определяется размер вознаграждения исполнителя), причем не в сроки, установленные в ТК РФ.
Таким образом, договором ГПХ не может быть установлен график. В нём можно определить только начальные и конечные сроки выполнения работ/оказания услуг.
Предполагаю, что в данном случае Заказчик маскирует трудовой договор, заключая с Вами договор ГПХ. Считаю, что действия руководителя неправомерны, а Вы вправе подать жалобу в Государственную инспекцию труда, пояснив обстоятельства произошедшего и сославшись на то, что Ваш Заказчик (Работодатель):
— закрепил в предмете договора трудовую функции (выполнение работником лично работ определенного рода, а не разового задания заказчика);
— трудовой договор предусматривает подчинение работника внутреннему трудовому распорядку, его составным элементом является выполнение в процессе труда распоряжений работодателя, за ненадлежащее выполнение которых работник может нести дисциплинарную ответственность;
— договор носит не разовый, а систематический характер и заключаются на продолжительный срок;
— из условий договора следует, что обеспечен контроль со стороны работодателя.
Готов составить проект соответствующей жалобы.