Это повлияет на получение сертификата?

Если у вас имеется жилое помещение, то вам надо об этом известить администрацию города — п.ч. по программе молодая семья. Скорее всего, вам уже не положена субсидия, т.к. по ее правилам субсидия предоставляется только нуждающимся в жилом помещении, а в теперь  таковыми не можете быть.