Законно ли требование сотрудников показать оба паспорта?

По закону работники погранслужбы не имеют права требовать у вас второй паспорт и даже не обязаны знать о его наличии. 

Как правило, при прохождении пограничного контроля, военнослужащие пограничной службы ФСБ РФ, проверяют действительность документа и отсутствие оснований для выезда или въезда в РФ,

Ими не осуществляется сверка данных с целью определения наличия у иностранного гражданина, предъявившего соответствующий документ — иностранного гражданства.

Так по смыслу Административного регламента Федеральной службы безопасности Российской Федерации по исполнению государственной функции по осуществлению пограничного контроля в пунктах пропуска через государственную границу Российской Федерации, утвержденного приказом ФСБ России от 08.11.2012 N 562

22. Административная процедура по осуществлению пограничного контроля включает в себя следующие административные действия:
— контроль лиц для установления оснований на право выезда из Российской Федерации или въезда в Российскую Федерацию;
В случаях осуществления Контроля лиц в кабинах паспортного контроля (в помещениях подразделений пограничного контроля в пунктах пропуска, определенных начальником пограничного органа) лица, следующие через государственную границу, в порядке очереди представляют должностному лицу документы на право пересечения государственной границы.
31. Основанием для пропуска через государственную границу лиц является наличие действительных документов на право въезда лиц в Российскую Федерацию или выезда их из Российской Федерации <1>.
Таким образом, по общему правилу, осуществляется исключительно паспортный контроль и проведение проверки действительности выданного паспорта.

www.garant.ru/products/ipo/prime/doc/70223540/

 Основанием для пропуска через государственную границу лиц является наличие действительных документов на право въезда лиц в Российскую Федерацию или выезда их из Российской Федерации