Добрый день, Валентина.
Указание системы оплаты труда в трудовом договоре закон не требует. В ПВТР не обязательно указывать СОТ. Целесообразно устанавливать СОТ в Положении об оплате труда.
Шаги по изменению ТД и локальных актов:
1. Разработать Положение об оплате труда, утвердить и ознакомить работников. Установить срок ввода в действие — более 2 месяцев с момента ознакомления.
2. Гармонизировать ПВТР с Положением об оплате, если есть расхождения.
3. Разработать новую форму трудового договора, предложить действующим работникам подписать ДС к трудовым договорам.
4. Несогласных работников оставить на прежних условиях.
По конкретике можете обращаться в личные сообщения.