Если обращаться в прокуратуру, то в своем регионе или по месту нахождения организации?

День добрый, Наталья.

Прокуратура не будет заниматься данной проблемой, независимо от того, в каком регионе Вы обратитесь в госструктуру.

Споры по договору ГПХ решаются в судебном порядке. 

Сначала желательно в досудебном формате написать претензию-требование в рамках условий договора (ст.420 ГК) и направить ее второй стороне договора, неисполняющей свои обязательства. Не среагируют должным образом — в суд.

Наталья, здравствуйте!

Вознаграждение по гражданско-правовому договору взыскивается в судебном порядке, для чего необходимо предъявить иск.

Для получения ответов на дополнительные вопросы, заказа документов, представительства в суде 
обращайтесь ко мне в чат (кнопка «общаться в чате» внизу моей консультации, 
либо на странице моего профиля — pravoved.ru/lawyer/1897694/)
С уважением, Александр Васильев