Добрый день.
Если, как Вы говорите инвалидность Вам установлена по заболеванию, полученному в период военной службы — то отказ военкомата в выплате надбавки правомерен.
Условия ее установления, оговорены в ст. 3 ФЗ от 07.11.2011 N 306-ФЗ «О денежном довольствии военнослужащих и предоставлении им отдельных выплат» согласно которой
13. При установлении военнослужащему, после увольнения с военной службы инвалидности вследствие военной травмы или инвалидности вследствие увечья (ранения, травмы, контузии) выплачивается ежемесячная денежная компенсация в возмещение вреда, причиненного здоровью
Таким образом, условием выплаты надбавки является установление инвалидности в следствие травмы.
Заболевание, как основание установления инвалидности не является условием получения надбавки для уволенных военнослужащих, оно предполагается только для, проходящих службу в добровольческих формированиях.
Причина установления инвалидности «заболевание, полученное в период военной службы» не тождественна формулировке причины инвалидности «военная травма».