Здравствуйте.
Уточните, а для чего у Вас возникла необходимость перезаключать договор найма? Как правило, для жильцов это редко когда имеет особый смысл.
1. В силу ст. 82 ЖК РФ
Дееспособный член семьи нанимателя с согласия остальных членов своей семьи и наймодателя вправе требовать признания себя нанимателем по ранее заключенному договору социального найма вместо первоначального нанимателя. Такое же право принадлежит в случае смерти нанимателя любому дееспособному члену семьи умершего нанимателя.
Таким образом, для переоформления договора нужно согласие всех проживающих, и принудить их дать такое согласие невозможно.
2. Вы упомянули, что некоторые жильцы фактически не живут в этой квартире.
В таком случае, если они действительно добровольно выехали, Вы можете в судебном порядке потребовать признать их утратившими право пользования квартирой на основании ч. 3 ст. 83 ЖК РФ
В случае выезда нанимателя и членов его семьи в другое место жительства договор социального найма жилого помещения считается расторгнутым со дня выезда, если иное не предусмотрено федеральным законом.
Если суд признает их таковыми, то от них никакого согласия Вам уже не потребуется.
Но, внимание, таким образом Вы можете выписать только совершеннолетних граждан. С несовершеннолетним жильцом, пока он не достигнет 18 лет сделать ничего нельзя, и Вам потребуется получать от него согласие на оформление договора соцнайма (или от его родителей если ребенку нет 14 лет).