Алексей!
Полагаю, что в таком случае возможно увеличение срока отсрочки не более, чем на 1 год, в статье 24 ФЗ «О воинской обязанности и военной службе» №53-ФЗ от28.03.98 сказано так о праве на отсрочку:
получившим во время освоения образовательной программы академический отпуск или перешедшим в той же образовательной организации с одной образовательной программы на другую имеющую государственную аккредитацию образовательную программу того же уровня образования либо переведенным в другую образовательную организацию для освоения имеющей государственную аккредитацию образовательной программы того же уровня образования. Право на отсрочку от призыва на военную службу сохраняется за гражданином по основаниям, предусмотренным настоящим абзацем, только при условии, если общий срок, на который гражданину была предоставлена отсрочка от призыва на военную службу для обучения в данной образовательной организации или в образовательной организации, из которой осуществлен перевод, не увеличивается или увеличивается не более чем на один год;
Таким образом — вне зависимости от основания увеличения периода обучения — перевод или академический отпуск, общий срок обучения не додлжен увеличиваться более, чем на 1 год. Как только это произойдёт и общий срок Вашего обучения по сравнению с нормативным станет больше, чем на 1 год, Вас могут призвать на срочную военную службу, право на отсрочку от призыва Вы утратите.
Алексей, она уже у Вас утратилась.
Дело в том, что по окончании академического отпуска (независимо от его продолжительности) Вы в любом случае начнете обучение на третьем курсе.
С учетом данного обстоятельства, вуз, исходя из требований ст. 4 Закона о воинской обязанности и военной службе и Постановления Правительства РФ от 27.11.2006 N 719 «Об утверждении Положения о воинском учете» обязан сообщить в военкомат о прекращении действия отсрочки.
И в таком случае у Вас есть риск получения повестку, в период нахождения в академическом отпуске до его завершения.