Правомерно ли налоговая требует подать НДФЛ и заплатить налог?

     Добрый день. 

     В данном случае требования ФНС не основаны на законе. В силу ст. 217  НК п. 17.1 

Положения настоящего пункта не распространяются на доходы, получаемые физическими лицами… н от продажи имущества… непосредственно используемого в предпринимательской деятельности;

https://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_28165/625f7f7ad302ab285fe87457521eb265c7dbee3c/

      Если имущество в рамках предпринимательской деятельности не и пользовалось,  Вы освобождены от налогообложения дохода от его продажи по сроку владения.  При этом в данном случае подавать декларацию 3 НДФЛ Вы не обязаны.  Именно это и стоит указать в пояснениях на требования ФНС. 

     Все остальные  моменты могут быть детально разобраны в рамках отдельной полноценной услуги в чате( кнопочка рядом с фото юриста, доступна при входе на сайт через браузер)

     С уважением Евгений Беляев

Построила нежилую недвижимость, а именно склады, в 2015 году.

 Добрый день! Тут видимо налоговая исходит из характера проданного имущества (нежилого) что предполагает невозможность использования его в для личных нужд, а также способа его приобретения (оно целенаправлено создано, а не получено, например, в наследство). Соответственно налоговая считает, что в отношении такого имущества не могут применяться положения  п. 17.1 ст. 217 НК РФ поскольку

Положения настоящего пункта не распространяются на доходы, получаемые физическими лицами… от продажи имущества (за исключением жилых домов, квартир, комнат, включая приватизированные жилые помещения, садовых домов или доли (долей) в них, а также транспортных средств), непосредственно используемого в предпринимательской деятельности;

однако данная формулировка все же предполагает наличие факта использования имущества в ПД (либо множество операций по его реализации как один из признаков предпринимательской деятельности (систематичность). При этом обязанность доказывания осуществления предпринимательской деятельности лежит в этом случае на налоговой. Если же проданное имущество (как и операцию по его реализации) нельзя отнести к ПД, то доход от его продажи действительно не требуется отражать в налоговой декларации при указанном сроке владения ( п. 4 ст. 229 НК РФ).

как ИП никогда зарегистрирована не была

 это вообще не показатель, можно вести ПД и не будучи ИП