Здравствуйте.
1.
Существует ли законный формат партнёрского соглашения для между ЮЛ и ФЛ?
Безусловно существует. Более того, по общему правилу Вам не нужно выискивать какой-то конкретный формат (тип договора), а достаточно заключить любое соглашение и оно будет юридически значимым, независимо от правового статуса сторон.
Граждане и юридические лица свободны в заключении договора.
Стороны могут заключить договор, как предусмотренный, так и не предусмотренный законом или иными правовыми актами. К договору, не предусмотренному законом или иными правовыми актами, при отсутствии признаков, указанных в пункте 3 настоящей статьи, правила об отдельных видах договоров, предусмотренных законом или иными правовыми актами, не применяются, что не исключает возможности применения правил об аналогии закона (пункт 1 статьи 6) к отдельным отношениям сторон по договору.
Стороны могут заключить договор, в котором содержатся элементы различных договоров, предусмотренных законом или иными правовыми актами (смешанный договор). К отношениям сторон по смешанному договору применяются в соответствующих частях правила о договорах, элементы которых содержатся в смешанном договоре, если иное не вытекает из соглашения сторон или существа смешанного договора.
Условия договора определяются по усмотрению сторон, кроме случаев, когда содержание соответствующего условия предписано законом или иными правовыми актами (статья 422).
Статья 421 ГК РФ.
При этом существуют и более экзотические и сложные, помимо заключения договора, варианты организации совместной работы, включая создание отдельной организации или подразделения действующей организации и многое другое. Как я понимаю, Вы их не рассматриваете.
Что касается именно той части, что лицо является физическим. Во-первых, если оно является индивидуальным предпринимателем, его экономическая дееспособность здесь общая. Иными словами, он не ограничен в пределах законодательства в заключении с Вами любых соглашений. И даже если он выступает как простое физическое лицо (например, лишится статуса ИП, а Вы об этом знать не будете), повторюсь, заключенный договор будет юридически значим, однако для физического лица это может иметь отдельные последствия (в виде, например, привлечения за незаконную предпринимательскую деятельность и пр.). Однако это уже будут его отношения с государством. По общему правилу (подчеркиваю, по общему, отдельные аспекты могут иметь значение) на правоотношениях с Вами это не скажется.
Подводя итог, Вы вправе заключать соглашение, однако рекомендации по его конкретным условиям, их законности в конкретной ситуации можно дать только изучив все обстоятельства: организационно-правовую форму организации, положения ее внутренних актов, понимания, как она работает и контролируется, предмета договора, желательности его условий и пр.
2. Отдельно должен заметить, что в настоящем разделе оказываются консультации. Если Вам нужен документ, Вы можете обратиться к любому юристу или в раздел «документы».