Прошел МСЭ дали 3 группу инвалидности

Добрый день.

озвонили через неделю и сказали что мне нужно заново пройти у них ВВК, и что категорию Д мне не поставят.

 А зачем?

Они Вас просто не должны ставить на воинский учет.

Категория годности Д, в данном случае не пересматривается.

В Вашем случае, действует ст. 53 ФЗ «О воинской обязанности и военной службе», в силу которой

3. Гражданин, пребывающий в запасе и достигший предельного возраста пребывания в запасе или признанный в установленном настоящим Федеральным законом порядке не годным к военной службе по состоянию здоровья, переводится военным комиссариатом либо иным органом, осуществляющим воинский учет, в отставку и снимается с воинского учета.

Поскольку категорию годности Д, Вам поставили при увольнении, то в силу ст. 10 Закона о воинской обязанности и военной службе Вы должны были после увольнения встать на учет в военкомате.

Ввиду того, что у Вас при увольнении была установлена категория годности Д — Вы находитесь в отставке, то указанная обязанность на Вас не распространяется.

С учетом данного обстоятельства приказом  Министра обороны РФ от 22.11.2021 N 700
«Об утверждении Инструкции об организации работы по обеспечению функционирования системы воинского учета»
определено, что 

22. При снятии граждан с воинского учета в военном комиссариате заполнение документов воинского учета осуществляется на основании следующих документов:
2) для граждан, признанных военно-врачебной комиссией негодными к военной службе по состоянию здоровья, — паспорт гражданина Российской Федерации; военный билет офицера запаса (военный билет; справка взамен военного билета; временное удостоверение, выданное взамен военного билета офицера запаса; временное удостоверение, выданное взамен военного билета); 
свидетельство о болезни; карта медицинского освидетельствования с заключением военно-врачебной комиссии о негодности к военной службе;

С учетом установленной у Вас категории годности Вам в военном билете одной датой должны были поставить два штампа о постановке на воинский учет и одновременно о снятии с воинского учета.