Ознакомлен был только по третьей форме, что не накладывало на него никогда никаких ограничений на выезд

Здравствуйте!

а при увольнении в первом отделе ему подтвердили, что никаких ограничений нет

Если бы ограничение установили, ему обязаны были выдать (прислать) уведомление об этом, а паспорт нужно было бы сдать. Такие требования закона 114-фз о порядке выезда из РФ (ст.16). 

Если уведомление не получал, значит ограничения нет, и можно выезжать.

Здравствуйте, Уважаемый пользователь сайта.

Согласно, ст. 24 Закон РФ от 21.07.1993 N 5485-1

Должностное лицо или гражданин, допущенные или ранее допускавшиеся к государственной тайне, могут быть временно ограничены в своих правах. Ограничения могут касаться:  права на выезд из Российской Федерации в случаях и на сроки, которые предусмотрены федеральным законом, при условии осведомленности в сведениях особой важности или совершенно секретных сведениях;

Таким образом, срок ограничения права на выезд из Российской Федерации, за исключением случаев, предусмотренных настоящим Федеральным законом, не может превышать пять лет со дня последнего ознакомления со сведениями особой важности или совершенно секретными сведениями. (ст.15 Федерального закона от 15.08.1996 N 114-ФЗ «О порядке выезда из Российской Федерации и въезда в Российскую Федерацию»). В случае, если выезд из Российской Федерации гражданина Российской Федерации ограничен до пятилетнего периода и до истечения срока этого временного ограничения либо истечения срока его действия Вам необходимо обратиться в государственный орган, осуществивший выдачу паспорта для консультации.

Доброго Вам дня