Как правильно проверить договор купли-продажи земельного участка?

2.2. Покупатель обязуется выплатить Продавцу цену Земельного участка, согласованную Сторонами в п.2.1 Договора, в течение 365 (триста шестьдесят пять) дней после государственной регистрации перехода права собственности на Земельный участок. 

Обратите внимание — так как оплата будет не сразу, автоматически участок будет в залоге у продавца.

Если хотите это отменить — нужно указать об этом в договоре

2.3. Покупатель производит уплату цены Договора путем наличной безналичной передачи средств на счет, указанный Продавцом. 

Если на счёт — тогда стоит убрать «наличной»

4.1.2. Потребовать уплаты пени за нарушение Покупателем порядка и срока уплаты цены Договора, предусмотренного настоящим Договором в размере 1% от не уплаченной в срок суммы за каждый день просрочки.

4.3.2. Потребовать уплаты пени за нарушение Продавцом срока передачи Земельного участка, предусмотренного настоящим Договором в размере 1% от цены Договора за каждый день просрочки.

4.3.3. Потребовать уплаты пени за нарушение Продавцом срока безвозмездного устранения недостатков, предусмотренного настоящим Договором в размере 1% от цены Договора за каждый день просрочки.

Довольно большой размер неустойки. Есть вероятность, что её снизят как чрезмерную:

Статья 333 ГК РФ Уменьшение неустойки

1. Если подлежащая уплате неустойка явно несоразмерна последствиям нарушения обязательства, суд вправе уменьшить неустойку. Если обязательство нарушено лицом, осуществляющим предпринимательскую деятельность, суд вправе уменьшить неустойку при условии заявления должника о таком уменьшении.