Или можно получше пересдать ЕГЭ?

Можно ли перевестись с сохранением отсрочки от армии после первого курса университета: 1. С одной специальности на другую.(бакалавр на бакалавр) 2. С одного факультета на другой. (бакалавр на бакалавр) 3. Из одного университета в другой(бакалавр на бакалавр)?

 Если отсрочка Вам была предоставлена — то при любом из указанных Вами вариантов перевода можно ее сохранить.

В силу ст. 24 ФЗ «О воинской обязанности и военной службе» отсрочка при переводе из одной организации в другую, в рамках одной образовательной организации сохраняется при условии если срок обучения не увеличивается или увеличивается, но не более чем на 1 год.

Право на предусмотренную настоящим подпунктом отсрочку от призыва на военную службу сохраняется за гражданином:
получившим во время освоения образовательной программы академический отпускили перешедшим в той же образовательной организации с одной образовательной программы на другую имеющую государственную аккредитацию образовательную программу того же уровня образования либо переведенным в другую образовательную организацию для освоения имеющей государственную аккредитацию образовательной программы того же уровня образования. Право на отсрочку от призыва на военную службу сохраняется за гражданином по основаниям, предусмотренным настоящим абзацем, только при условии, если общий срок, на который гражданину была предоставлена отсрочка от призыва на военную службу для обучения в данной образовательной организации или в образовательной организации, из которой осуществлен перевод, не увеличивается или увеличивается не более чем на один год;

Таким образом, при соблюдении указанных условий при любом из перечисленных вариантов перевода — Вы сохраните свое право на отсрочку от призыва. 

могу ли я после первого курса(если хорошо учился во время его) перевестись туда, куда баллов изначально не хватало?

 Да, можете.

В данном случае Вы не ограничены в праве на перевод.