Здравствуйте.
Согласно п. 14 Постановления Пленума Верховного Суда РФ от 16.05.2017 N 16 (ред. от 26.12.2017) «О применении судами законодательства при рассмотрении дел, связанных с установлением происхождения детей»
При рассмотрении дел, связанных с установлением отцовства, судам следует иметь в виду, что, если ребенок родился от лиц, состоящих в браке между собой, а также в течение трехсот дней с момента расторжения брака, признания его недействительным или с момента смерти супруга матери ребенка, отцом ребенка признается супруг (бывший супруг) матери ребенка, если не доказано иное в соответствии со статьей 52 СК РФ, при этом отцовство супруга матери ребенка удостоверяется записью об их браке (пункт 2 статьи 48 СК РФ, пункты 1 и 2 статьи 17 Федерального закона от 15 ноября 1997 года N 143-ФЗ).
В случае, если орган записи актов гражданского состояния со ссылкой на названные выше обстоятельства отказал в регистрации рождения ребенка с указанием в записи акта о рождении в качестве его отца иного лица (фактического отца) на основании совместного заявления об установлении отцовства, поданного этим лицом и матерью ребенка, вопрос об установлении отцовства данного лица может быть разрешен судом в порядке искового производства после регистрации рождения ребенка в соответствии с положениями пункта 2 статьи 48 СК РФ и пунктов 1 и 2 статьи 17 Федерального закона от 15 ноября 1997 года N 143-ФЗ.
Таким образом, в Вашем случае отцом ребенка в свидетельстве о рождении ребенка будет указан бывший супруг.
Для того чтобы отцом ребенка был настоящий супруг вы должны обратиться с биологическим отцом в органы ЗАГС с совместным заявлением об установлении отцовства отца и матери ребенка в порядке ст. 50 СК РФ. После получения отказа в регистрации рождения ребенка обращаетесь в суд с требованием об установлении отцовства.
Либо вы получаете свидетельство о рождении ребенка в общем порядке, а затем обращаетесь в суд с требованием об исключении записи об отце ребенка, произведенной в записи акта о рождении в соответствии с пунктами 1 и 2 статьи 51 СК РФ, и о внесении новых сведений об отце ребенка (фактическом) (п. 16 ПП ВС РФ от 16.05.2017 N 16).
Согласно ст. 18 Федерального закона от 15.11.1997 N 143-ФЗ «Об актах гражданского состояния»
Если отцом ребенка будет записан Ваш бывший супруг, то и отчество у него будет производным от имени бывшего супруга, если иное не основано на национальном обычае.
Поэтому, если Вы хотите, чтобы отцом был указан реальный биологический отец ребенка, надо зарегистрировать с ним брак.
Второй вариант — если будет указан отцом ребенка бывший супруг, то Вы вправе обратиться в суд с иском об оспаривании отцовства.