Какие гарантии по аренде, если договор не зарегистрирован и помещение продают?

С новым собственником соответственно, целесообразно заключить доп.соглашение к действующему договору аренды о замене стороны договора аренды.

Подробнее о смене собственника в связи с арендой ознакомьтесь со статьёй по ссылке ниже

Смена собственника арендуемого помещения

Вот этот пункт у Вас невыгодный:

Стороны пришли к соглашению, что до момента государственной регистрации настоящий Договор считается заключенным сроком на 11 месяцев.

То есть если договор так и не будет зарегистрирован, то через 11 мес. он прекратится, и придётся съезжать

Вот здесь отказ односторонний:

3.2.4. Отказаться от исполнения Договора в одностороннем внесудебном порядке согласно пункту 2 ст. 450.1 ГК РФ, направив письменное уведомление Арендатору за 10 (десять) рабочих дней до предполагаемой даты расторжения настоящего договора в следующих случаях:

в случае если Арендатор допускает нарушение сроков внесения арендной платы или иных платежей, в соответствии с условиями настоящего Договора два срока подряд (независимо от продолжительности просрочки), либо один раз в течение действия Договора на срок более 30 (тридцать) календарных дней.

При том по п. 4.3:

4.3.    Моментом исполнения обязательств Арендатора по уплате арендной платы и оплате коммунальных услуг считается дата поступления денежных средств на счет Арендодателя.

То есть банк Арендодателя по каким-либо причинам получив деньги на свой корреспондентский, задержит перевод, то Вы будут считаться не исполнившими обязательства.

Поэтому лучше указывать тот вариант, который действует по общему правилу — не счёт получателя, а корреспондентский счёт его банка.

Вот здесь противоречие

9.4.      Обязанность по государственной регистрации настоящего Договора лежит на Арендаторе, в связи с чем, Арендодатель обязуется предоставить Арендатору оригиналы и копии документов, необходимые для регистрации. 

И

3.1.    Арендодатель обязуется:

3.1.10. Осуществить государственную регистрацию настоящего Договора, в срок не превышающий 2 (два) месяца с момента подписания Сторонами настоящего Договора.

но хотелось бы получить консультацию, насколько это все не «филькина грамота»

 В п. 2.1 Договора прописано, что 

Срок аренды Помещения по Договору исчисляется с даты передачи Помещения Арендодателем Арендатору и подписания Сторонами соответствующего Акта приема-передачи Помещения и продолжается в течение 5 (пять) лет. Стороны пришли к соглашению, что до момента государственной регистрации настоящий Договор считается заключенным сроком на 11 месяцев.

До указанного момента договор у Вас не действует.

Если после его передачи его государственная регистрация не будет осуществлена — то срок действия договора составляет 11 месяцев.

Не соглашусь при этом с ответом юриста о том, что 

То есть если договор так и не будет зарегистрирован, то через 11 мес. он прекратится, и придётся съезжать

В данном случае в силу п. 2.2. Договора 

2.2.    В случае, если по какой-либо причине настоящий Договор не будет зарегистрирован в течение 11 (одиннадцать) календарных месяцев с даты подписания Акта приема-передачи, то по истечении данного срока настоящий Договоравтоматически возобновляется (считается заключенным вновь, без необходимости подписания дополнительного соглашения, либо текста нового договора)на тот же срок и на тех же условиях. Количество пролонгаций не ограничено.

С учетом сказанного договор у Вас предполагается продленным опять на 11 месяцев и так до момента его государственной регистрации.

В случае продажи помещения в указанный срок новый арендодатель вправе в одностороннем порядке отказаться от исполнения договора по следующим основаниям, определенным в договоре

5.2.    Арендодатель вправе отказаться от исполнения настоящего Договора в одностороннем внесудебном порядке, предварительно уведомив Арендатора не менее чем за 30 (тридцать) календарных дней до предполагаемой даты расторженияв случае грубого нарушения Арендатором условий настоящего Договора, в том числе в случае несоблюдения Арендатором условия о целевом использовании Помещения. 

Основанием для его расторжения в одностороннем порядке будет являться только грубое нарушение условий договора с Вашей стороны.

И тут есть ряд противоречий с п. 3.2.4. Договора, которым установлены основания для его досрочного внесудебного расторжения, но в меньший срок — в течении 10 рабочих дней.

В договоре прописано, что 

4.4.    Ставка Арендной платы может быть изменена по Решению Арендодателя не более чем на % среднегодовой инфляции, согласно информации Банка России по уровню инфляции http//cbr.ru/hd_base/infl//, но не чаще чем один раз в год.

Однако данное условие не противоречит закону.

В ст. 620 ГК РФ установлено, что 

3. Если иное не предусмотрено договором, размер арендной платы может изменяться по соглашению сторон в сроки, предусмотренные договором, но не чаще одного раза в год.

Таким образом, стороны могут установить иной, отличный от закона порядок изменения размера арендной платы.

Это и было определено в Вашем договоре.