Добрый день!
Вопросы увольнения военнослужащих должны решаться в соответствии с уставами ВС РФ и Положением о порядке прохождения военной службы, утверждённым Указом Президента РФ №1237 от 16.09.99.
Признание не годным к военной службе может быть основанием для увольнения, но проблема сейчас в том, что соответствующее решение ВВК должно получить подтверждение в вышестоящей комиссии, а большой объём поступающих решений ВВК не даёт возможность рассматривать их и подтверждать в кратчайший срок, пока не будет подтверждения решения ВВК о категории Д командование части не может издать приказ об увольнении и исключить Вас из списков части.
Теоретически (если все необходимые документы уже есть) Вы имеете право обратиться с заявлением в военную прокуратуру или даже требовать расторжения контракта и увольнения в установленном порядке через суд, документы действительно могут ходить долго, особенно, если на каком-то этапе будет непредвиденная задержка (потеряются, например).