Вроде бы все норм, но смущает пункт 4.2., где 5 млн.указано, что надо заплатить в случаи разглашении информации

Здравствуйте. 

Я бы поостерегся заключать данное соглашение с ООО с таким пунктом 4.2.

Направьте в данную организацию протокол разногласий, в котором предложите вместо штрафа примерно такую формулировку: «В случае причинения убытков Раскрывающей стороне в результате разглашения конфиденциальной информации Получающая сторона обязана возместить причиненные убытки в полном объеме».

Дело в том, что у вас указанное ООО даже Соглашение о конфиденциальности сделана с пометкой «конфедициально», вся ваша переписка будет с этой отметкой, все протоколы совещаний будут с ней. И, насколько я понимаю, ООО будет ловить вас на нарушениях реальных и вымышленных. 

Посмотрите пункт 1.1.1 Соглашения, в нем к конфиденциальной информации относится любая иная информация, независимо от формы и способа ее передачи, полученная от Разглашающей Стороны или от указанного ей лица (например, аудитора или консультантов Разглашающей Стороны), если Разглашающей Стороной при этом прямо не была оговорена общедоступность такой информации. 

То есть, у вас все конфедициально со штрафом 5 млн. рублей. 

С таким соглашением вы даже судиться с ООО не сможете, так как направление иска в суд будет расценено, как нарушение порядка предоставления информации третьим лицам, то есть суду.

А как вы будете, допустим, обращаться за помощью к юристу, бухгалтеру, иному специалисту за помощью в работе с ООО. Даже этот ваш вопрос на сайте можно расценивать тоже как нарушение порядка предоставления информации третьим лицам, так как текст соглашения носит гриф «конфедициально". Итого с вас штраф 5 млн. рублей за вопрос. 

ООО, насколько я понимаю, разработчик программного обеспечения, то есть это в большей степени не вы, а они нуждаются в вас. Поэтому пусть эта организация наведет порядок в своей голове и определиться, что именно является конфиденциальной информацией, а не действует по принципу „что я вам скажу по определению есть конфиденциальная информация“.