Александр, здравствуйте.
Дело в том, что доходы учитываются при применении НПД на дату поступления денежных средств -см. п.1 ст.7 ФЗ от 27.11.2018 N 422-ФЗ «О проведении эксперимента по установлению специального налогового режима „Налог на профессиональный доход“. При этом и чек Вы были обязаны формировать при поступлении денег и не позднее 9-го числа месяца, следующего за месяцем расчета -п.2 ст.14 того же ФЗ, либо в момент расчета -при поступлении наличными или с использованием эл.средств платежа.
Формируя чек, самозанятый тем самым передает сведения о доходах в ИФНС.
Соответственно, оформление чеков текущей датой
1). не будет соответствовать указанным выше нормам
2). может привести к тому, что налоговый орган посчитает, что Вы получили доходы от данного контрагента и ранее (в дни их фактического поступления) и сейчас.
А потому если оформлять, то только задним числом и больше никак. НО!!!!
Вас могут привлечь по ст.129.13 НК РФ, но это в ситуации не самое плохое.
Дело в том, что Вы указываете:
не оформлял чеков в течении 3 лет, чтобы избежать превышение лимита.
При установлении того, что чеки Вами не оформлялись, и посчитав реальный доход, налоговый орган пересчитает Вам налоговую базу и доначислит НДФЛ на доходы, превысившие лимит. Доходы, превысившие лимит Вы обязаны были декларировать по форме 3-НДФЛ в срок до 30.04 года, следующего за годом их получения (ст.229 НК РФ) и НДФЛ заплатить в бюджет в срок до 15.07.
Неисполнение данных обязанностей влечет привлечение к ответственности по ст.119 и ст.122 НК РФ.
Указанное касается каждого из налоговых периодов, где был превышен лимит.
В зависимости от суммы реальных доходов и неуплаченных налогов, стоит учитывать и вероятности привлечения к уг.ответственности.
А по сему Вам крайне нежелательно оформлять чеки вообще. Однако и в этом случае риски того, что ИФНС не выявит нарушения по движению денег по счетам, полностью снять нереально. При наличии возможности договориться с контрагентом каким-либо образом о непредоставлении чеков лучше поступить именно так.
Детальная консультация по вопросу возможна индивидуально в чате.
С уважением
Да, если обнаружат грозит штраф по статье 129.13 НК РФ
https://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_19671/96c8b6937f62c6afc0bd07ef05603adf56952f35/