Правомерны ли действия руководства?

Работодатель должен принять справку-отзыв и предоставить ученической отпуск с сохранением рабочего места и заработной платы, в том числе и при получении второго высшего образования сотрудником, но при этом не обязан оплачивать время отпуска так как образование высшее второе. 

Если моя консультация оказалась Вам полезной, то прошу оставить положительный отзыв или поставьте -"+".
P.S. При необходимости предоставлю более развёрнутый и аргументированный ответ, со ссылками на закон. 

Добрый день, Татьяна!

Согласно ст.173 ТК РФ 

Работникам, поступившим самостоятельно на обучение по имеющим государственную аккредитацию программам программам магистратуры по заочной форме обучения и успешно осваивающим эти программы, работодатель предоставляет дополнительные отпуска с сохранением среднего заработка для:

1. прохождения промежуточной аттестации на первом и втором курсах соответственно — по 40 календарных дней, на каждом из последующих курсов соответственно — по 50 календарных дней (при освоении образовательных программ высшего образования в сокращенные сроки на втором курсе — 50 календарных дней);
2. прохождения государственной итоговой аттестации — до четырех месяцев в соответствии с учебным планом осваиваемой работником образовательной программы высшего образования

Предусмотрены и другие гарантии и компенсации, которые должны быть отражены в трудовом договоре или в коллективном договоре. 

Данные гарантии согласно ст.177 ТК РФ предоставляются работникам, совмещающим работу с получением образования, при получении образования соответствующего уровня впервые. В вашем случае программу магистратуры вы осваиваете впервые, так как до этого получили уровень бакалавриата, поэтому работодатель не может отказать вам в принятии справки-вызова