Что мы сейчас можем сделать, чтоб минимизировать "наказание"?

С учётом моего ответа выше далее:

Ситуация с таким оформлением трудовых отношений действительно спорная.

К примеру информацию можете посмотреть по следующей ссылке:

Минфин России: между организацией и гендиректором, являющимся ее единственным участником, трудовой договор не заключается-https://www.garant.ru/news/1325346/

Далее я продолжу в следующем ответе ниже.

С учётом моих ответов выше далее:

Но есть и  позиции Роструда РФ и ФНС РФ, которые   настаивают на обязательном оформлении трудовых отношений в таких ситуациях.

В соответствии со статьей 11 Трудового кодекса Российской Федерации -ТК РФ Статья 11. Действие трудового законодательства и иных актов, содержащих нормы трудового права -http://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_34683/84d6e1eb29ba86ec5ec73ac9d269f09f7912a174/

Учредители не отнесены данной статьей к лицам на которых не распространяются трудовое законодательство и иные акты, содержащие нормы трудового права

Об этом свидетельствует и официальная позиция Роструда РФ по официальной ссылке:

Учитывая изложенное, полагаем, что заключение трудового договора в подобном случае не только правомерно, но и необходимо, поскольку невыполнение этой обязанности со стороны работодателя (общества) может повлечь административную ответственность, предусмотренную ст. 5.27 Кодекса РФ об административных правонарушениях.-https://онлайнинспекция.рф/questions/view/68896

Т.е. в такой ситуации правильным и соответствующим действующему трудовому законодательству, это  оформление трудовых правоотношений с работником т.е. с генеральным директором и заключение с ним трудового договора.

При этом участник и подписывает от имени общества, с собой уже как с гендиректором, все дело в том что от работодателя выступает организация а не ее участник, и от организации он и заключает трудовой договор уже с собой как физическим лицом работником.

Вот к примеру разъяснения по ссылке:

Единственный участник ООО является его руководителем. ООО относится к субъектам малого предпринимательства.
Нужно ли заключать трудовой договор с генеральным директором? Если да, то кто будет подписывать договор со стороны работодателя?
Подчеркнем, что работодателем для генерального директора в этой ситуации будет не единственный участник, а общество. Единственный участник лишь осуществляет права и обязанности работодателя в трудовых отношениях с генеральным директором как орган управления обществом (часть шестая ст. 20 ТК РФ). Поэтому трудовой договор в рассматриваемом случае будет заключен между различными субъектами правоотношений: ООО и физическим лицом, назначенным на должность генерального директора.-https://www.garant.ru/consult/business/485520/

Вот разъяснения самих органов ФНС дополнительно по официальной ссылке:

Отвечаем на актуальные вопросы налогоплательщиков: учредитель ООО, он же директор, нужен ли трудовой договор?
Поэтому, заключение трудового договора в подобном случае не только правомерно, но и необходимо, поскольку невыполнение этой обязанности со стороны работодателя (общества) может повлечь административную ответственность, предусмотренную ст. 5.27 Кодекса РФ об административных правонарушениях.-https://www.nalog.gov.ru/rn92/news/activities_fts/5845659/

Вот пример вызова во вложении к ответу,   нем же указана ссылка и на  судебную практику.

Во вложении к ответу также типовые формы рекомендованные Рострудом РФ.

Далее я продолжу в следующем ответе ниже.