Здравствуйте.
Проблема в том, что продавался он Вам с определенным статусом. То что он нежилой связано с тем, что он просто еще недостроен. Земельный участок под ним с каким ВРИ? Почти не сомневаюсь, что ИЖС или что-то подобное. Тот факт, что дом еще недостроен никак не меняет его статус пока он не будет изменен в ЕГРН. Ввиду этого налоговики и исходят из того, что дом жилой пока не будет доказано иное, т.е. изначально строящийся как жилой, должен быть переведен в нежилой со всеми вытекающими отсюда Вашими действиями и соответствующими последствиями.
Можно доказать что дом не был пригоден для жилья ?
Непригодность для жилья в текущем состоянии не влияет на статус дома.
И налоговая не хочет учитывать затраты на ремонт квартиры, так как она куплена у физика, хотя изначально застройщика не было и все квартиры были от физика, квартира была без ремонта.
Действительно, при продаже личного имущества Вы вправе воспользоваться имущественным налоговым вычетом по налогу на доходы физических лиц или уменьшить полученный доход на сумму расходов, связанных с приобретением данного имущества (подп. 2 п. 2 ст. 220 НК РФ). При этом согласно подп. 4 п. 3 ст. 220 НК РФ, в фактические расходы на приобретение квартиры могут включаться сами расходы на приобретение квартиры, комнаты или доли (долей) в них либо прав на квартиру, комнату или доли (долей) в них в строящемся доме, а также расходы на приобретение отделочных материалов, расходы на работы, связанные с отделкой квартиры, комнаты или доли (долей) в них, а также расходы на разработку проектной и сметной документации на проведение отделочных работ.
Но при этом принять к вычету расходы на отделку квартиры можно только в том случае, если договор, на основании которого она куплена, предусматривал приобретение квартиры без отделки (подп.5 п. 3 ст. 220 НК РФ). Сли в договоре об этом ничего нет, принять к вычету произведенные расходы не получится.
Если Вам потребуется дополнительная консультация по этому вопросу и/или составление документов, либо возникнут иные правовые вопросы, Вы можете обратиться ко мне в чат за персональной консультацией.