Как быть ему в данной ситуации

ему 25 его и в армию могут забрать.

 Он находится еще в том возрасте когда по смыслу ст. 22 ФЗ «О воинской обязанности и военной службе» возможен его призыв на военную службу.

В этой связи исходя из ст. 7.1. Закона о воинской обязанности и военной службы в отношении него при определенных условиях могут быть приняты меры направленные на обеспечение явки по повестке военного комиссариата.

Одной из таких мер является наложение запрета на выезд из страны.

В ст. 4 ФЗ от 04.08.2023 N 437-ФЗ «О внесении изменений в отдельные законодательные акты Российской Федерации»

указывалось, что 

3. Запрет на выезд из Российской Федерации в качестве временной меры, направленной на обеспечение явки гражданина, подлежащего призыву на военную службу, применяется: 1) со дня направления гражданину повестки военного комиссариата, в том числе направления повестки военного комиссариата по месту работы (учебы) гражданина для вручения ее руководителем или другим ответственным за военно-учетную работу должностным лицом (работником) организации такому гражданину;
2) со дня вручения гражданину повестки военного комиссариата работником военного комиссариата лично под расписку.

Таким образом, при направлении ему повестке военкомат мог принять решение о наложении запрета о чем информировать пограничную службу ФСБ России.

В таком случае, его просто не выпустят из РФ при прохождении пограничного контроля.

Сейчас он хочет улететь в Азербайджан у него в аэропорту могут возникнуть проблемы?

 Да, могут, поскольку  решение о применении временной меры в виде запрета на выезд из Российской Федерации формируется в день направления гражданину повестки военного комиссариата.

При этом не имеет никакого значения то обстоятельство, что у него есть гражданство Азербайджана.

Согласно ст. 10 ФЗ «О гражданстве РФ» он рассматривается только как гражданин России, что предполагает при выезде из страны использовать только действительный заграничный паспорт РФ.

При попытке пересечении границы на основании документов Азербайджана, есть риск отказа в прохождении пограничного контроля по причине не предоставления заграничного паспорта РФ и привлечение его к административной ответственности по ст. 18.1 КоАП РФ

влечет наложение административного штрафа на граждан в размере от двух тысяч до пяти тысяч рублей; на должностных лиц — от тридцати тысяч до пятидесяти тысяч рублей; на юридических лиц — от четырехсот тысяч до восьмисот тысяч рублей.

А через Белоруссию как проверяют на Росийско-Белорусской границе что встал на воинский учёт или нет?

 При прохождении границы со стороны российской стороны не проводятся мероприятия по прохождению пограничного контроля.

Но могут проверить его документы в связи с нахождением в пограничной зоне, на основании ст. 17 Закона РФ от 01.04.1993 N 4730-1 «О Государственной границе Российской Федерации», которая предполагает, что въезд (проход) лиц в пограничную зону осуществляется по документам, удостоверяющим личность.

В результате такого рода проверок уже были факты передачи лиц, не явившихся в военкомат по повестке.

Ну как на практике. Если не всталвал на воинский учёт не выпустят из страны.? Человек на более чем 6 месяцев хочет уехать из страны. Заранее благодарен

 А на практике, в отношении него могут принять решение о прекращении гражданства РФ в силу ст. 22 ФЗ «О гражданстве РФ»

1. Гражданство Российской Федерации прекращается по следующим основаниям:
2) сообщение заведомо ложных сведений в отношении обязательства соблюдать Конституцию Российской Федерации и законодательство Российской Федерации, выразившееся в том числе:
в) в неисполнении обязанности по первоначальной постановке на воинский учет;

https://www.interfax.ru/russia/987548

https://www.fontanka.ru/2024/10/27/74262617/

В настоящее время, такая практика как видите набирает обороты и касается она всех лиц, которые приобрели гражданство и не встали на воинский учет.