Могут ли ограничить или лишить родительских прав если ребенок не хочет ходить в школу?

В статье статье 69 содержится перечень оснований для лишения  родительских прав. Указанного Вами в перечне нет. 

Согласно статье 63 Семейного кодекса России, родители обязаны обеспечить получение детьми общего образования. Если ребёнок систематически пропускает занятия, школа вправе обратиться в органы опеки, а те, в свою очередь, — привлечь родителей к административной ответственности.

За неисполнение или ненадлежащее исполнение родительских обязанностей предполагается вынесение предупреждения либо штрафа в размере от 100 до 500 рублей за первичное нарушение, штрафа в размере от 4000 до 5000 рублей или административного ареста на срок до пяти суток за повторное нарушение на основании ст. 5.35 КоАП РФ.

Поставят на учет. Будут привлечены органы опеки, составлены акты., проведены беседы. С родителями и детьми будут общаться психологи.