Если я занимаюсь продажей чужих животных, те выкупаю их за одну цену, а продаю со своей наценкой, то как оформить налоги в данном случае?

Здравствуйте!
Если вы занимаетесь перепродажей животных, то это считается предпринимательской деятельностью. В таком случае регистрация как самозанятый не подходит, потому что самозанятые не могут заниматься перепродажей товаров (ФЗ № 422-ФЗ, статья 4, пункт 2).

Как оформить налоги:
Регистрация в качестве индивидуального предпринимателя (ИП):
Вам нужно зарегистрироваться в качестве ИП, выбрать подходящую налоговую систему (например, упрощённую систему налогообложения — УСН 6% или 15%, в зависимости от вашего дохода и расходов).
Система налогообложения:

При УСН 6% вы будете платить налог с доходов.
При УСН 15% налог рассчитывается с разницы между доходами и расходами (то есть с вашей «наценки»).
Оформление чеков и документов:

Вы должны выдавать чеки покупателям через онлайн-кассу.

Добрый день, Ася!

Согласно статье 137 Гражданского кодекса Российской Федерации животные признаются объектами права собственности и к ним применяются общие правила об имуществе. 

Это значит, что вы можете их продавать, дарить или иным образом отчуждать. Налогообложение таких операций зависит от того, являетесь ли вы ИП или продаете их как физическое лицо. В первом случае вы можете выбрать спецрежим, например УСН и платить 6% с выручки, либо 15% с разницы между доходом и расходом.

Если вы продаете как физлицо, то нужно платить НДФЛ с продажи с возможностью применять вычеты при продаже.