Мне могут стянуть мою часть дома в 2 варината (1-с доступом в ее квартиру, но она не даст согласие, и 2-это стянут мою только часть)

Добрый вечер!

Подрядчик отвечает за качество выполненной работы не только на дату составления акта приемки, но и в течение гарантийного срока (ст. 755 ГК РФ).  Подрядчик  обязан за свой счет устранять недостатки в период гарантии. 

Как обезапасить себя, что бы после стяжки только своей части у нас не возникло с ней проблем

По результатам работ подписываете акт (данное условие должно быть прописано в договоре). Во всяком случае предусмотрите в заключаемом договоре пункт о том, что подрядчик дает гарантию на выполненную работу по обоим возможным вариантам как минимуму на пару лет. Дополнительно проверьте подрядчика по отзывам, по наличию исполнительных производств и тп. Указанное может помочь сделать правильный выбор подрядчика.

Здравствуйте Елена.

Как вы уже пояснили, подрядчик частное лицо.

 Как обезапасить себя, что бы после стяжки только своей части у нас не возникло с ней проблем, что у нее что-то ломается после нашего ремонта?

Я бы в вашем случае, разработал бы подробный план по перепланировке и согласовал его с местной администрацией (администрация сельского поселения и т.п.) В отделе архитектуры. Это в вашем случае не обязательно, но если с вами решат судится, у вас будет очень весомое документальное доказательства того, что ремонт выполненный вами не является причиной разрушений.