Как можно лучше поступить в этой ситуации?

Место жительства ребенка Вы вправе просить определить в Вами, но с учетом того, что ребенку всего два года, исходя из сложившейся судебной практики — шансы на успех такого дела не велики. Тот факт, что бывшая супруга проживает с лицом иного вероисповедания не может являться решающим фактором. Оцениваются условия проживания и воспитания ребенка, о чем составляется заключение органами опеки и попечительства. Уплата алиментов является Вашей обязанностью и странно, что Вы считаете, что это может отразиться на службе. Скорее отразится факт неуплаты алиментов. Поэтому оцените свои шансы и примите решение. Вы всегда вправе в судебном порядке определить порядок общения с ребенком, если супруга этому препятствует.