Здравствуйте, Кирилл!
Вам необходимо подать рапорт о предоставлении отпуска по болезни способом, который подтвердит поступление документа в воинскую часть. В таком случае командир не сможет отказать, поскольку такой отказ будет являться незаконным.
Также вы можете обратиться ко мне в чате (через кнопку «Общаться в чате») для получения более подробной консультации с предложением путей решения вашего вопроса, а также в случае необходимости подготовлю для вас все необходимые юридические документы.
Заранее благодарю за оценку моего ответа на ваш вопрос ("+" под ответом).
Надеюсь мой ответ был вам полезен.