Добрый день, Наталья.
Если сделка уже зарегистрирована, сведения внесены в Росреестр, и право собственности перешло к новым собственникам, заключение доп соглашения желаемого результата не принесет, и не изменит ситуацию.
ГК РФ Статья 164. Государственная регистрация сделок
1. В случаях, если законом предусмотрена государственная регистрация сделок, правовые последствия сделки наступают после ее регистрации.
2. Сделка, предусматривающая изменение условий зарегистрированной сделки, подлежит государственной регистрации.
Кроме того:
ГК РФ Статья 8.1. Государственная регистрация прав на имущество
2. Права на имущество, подлежащие государственной регистрации, возникают, изменяются и прекращаются с момента внесения соответствующей записи в государственный реестр, если иное не установлено законом.
3. В случаях, предусмотренных законом или соглашением сторон, сделка, влекущая возникновение, изменение или прекращение прав на имущество, которые подлежат государственной регистрации, должна быть нотариально удостоверена.
Запись в государственный реестр вносится при наличии заявлений об этом всех лиц, совершивших сделку, если иное не установлено законом. Если сделка совершена в нотариальной форме, запись в государственный реестр может быть внесена по заявлению любой стороны сделки, в том числе через нотариуса.
Учитывая изложенное Вами в вопросе, сделка была совершена в отношении 1 объекта недвижимости, поскольку стоимость в договоре указана общая. Таким образом и обязанность по уплате налога с продажи необходимо уплачивать по сумме указанной в договоре.
По факту внесение изменений на сегодняшний день повлечет за собой изменение условий совершенной сделки.
В смысле, что налог рассчитают без учета этого допсоглашения. Налоговыми вычетами Вы можете снизить базу на 1250 тыс., а расходы на приобретение дачи и участка у Вас общие сколько?