Здравствуйте!
В такой ситуации Вам стоит обратиться с письмом к работодателю (лучше заказным письмом), в котором указать примерно следующее:
«Я, ФИО, в период с (дата) по (дата) работала на должности (указать должность) с заработной платой (указать полную сумму!). После увольнения мне стало известно, что часть заработной платы, которая мне выплачивалась, не учитывалась надлежащим образом. Считаю это недопустимым и обращаю ваше внимание, что такое нарушение является серьезным и влечет за собой ряд возможных санкций по отношению к работодателю:
Ввиду неуплаты НДФЛ: доначисление налога; 20% штраф от неуплаченной суммы подоходного налога (ст. 123 НК РФ и письмо Минфина № 03-02-07/1/8500 от 19.03.2013); пени, которые рассчитываются с момента неуплаты налога; административная ответственность при выявлении зарплат в конверте при проверке (ст. 15.11 КоАП РФ); уголовная ответственность — в редких случаях (ст. 199.1 УК РФ).
Ввиду неуплаты страховых взносов: доначисление страховых взносов; 20% штраф от неуплаченных взносов (ст. 47 № 212-ФЗ от 24.07.2009) или 40% штраф от неуплаченных взносов, если будет доказано умышленное занижение взносов (ч. 1 и 2 ст. 47 № 212-ФЗ); пени с момента неуплаты взносов.
Кроме того, возможна блокировка счета со стороны банка (при выявлении нарушений в оплате заработной платы).
Возможно, указанная проблема — это просто следствие бухгалтерской ошибки, которую я прошу устранить в кратчайшие сроки. В ином случае оставляю за собой право обратиться с жалобой в ФНС, Трудовую инспекцию и прокуратуру».
Если подобное письмо не будет иметь эффекта, собирайте доказательства оплачиваемых вам денежных средств, доказательства того, что зарплата должна была быть выше (чем фактически выплачиваемая), и обращайтесь с заявлением в ФНС (налоговая), Трудовую инспекцию (они защищают права работников) и прокуратуру.