Обособленное подразделение

Открыв обособленное подразделение (по смыслу ст. 11, пп. 3 п. 2 ст. 23 НК РФ) в другом городе, где располагается торговый центр, по общему правилу, УСН остается. 

Однако применение УСН ограничено определенными параметрами, установленными НК РФ, выход за пределы которых, приводит к утрате права на применения этой системы налогообложения. Такой риск появляется, когда организация расширяет масштаб своей деятельности. 

(Напомню, что налоговый период по УСН — календарный год, а отчетный период — каждый квартал (ст. 346.19 НК РФ)).

В рассматриваемом случае основания для утраты права таковы:

1) если в течение отчетного (налогового) периода допущены следующие несоответствия: 

1.1.) создание филиала или представительства (пп. 1 п. 3 ст. 346.12 НК РФ), то есть когда сведения об обособленном подразделении вносятся в ЕГРЮЛ, (но сейчас это не Ваш случай); 

1.2.) средняя численность работников общества (включая обособленное подразделение) за налоговый (отчетный) период, определяемая в порядке, устанавливаемом федеральным органом исполнительной власти, уполномоченным в области статистики, превышает 100 человек (пп. 15 п. 3 ст. 346.12 НК РФ);

1.3.) если остаточная стоимость основных средств, подлежащих амортизации или признаваемых амортизируемым имуществом (по гл. 25 НК РФ), определяемая в соответствии с законодательством Российской Федерации о бухгалтерском учете, превышает 100 млн. рублей (пп. 16 п. 3 ст. 346.12 НК РФ). 

3) если по итогам отчетного (налогового) периода доходы налогоплательщика превысили 60 млн. рублей (п. 4 ст. 346.13 НК РФ).

Во всех указанных случаях налогоплательщик считается утратившим право на применение УСН с начала того квартала, в котором допущены приведенные несоответствия (превышения). Соответственно, с указанного времени подлежит применению общая система налогообложения (налог на прибыль, НДС).

Таким образом, если придерживаться описанных пределов, Вы сможете применять УСН в последующих налоговых периодах.