Нужно ли от них избавляться, чтобы их не тронули при банкротстве?

Нет, «избавляться» от долей не нужно и даже рискованно. Вот почему:

Ключевое условие для банкротства через МФЦ – это закрытое исполнительное производство у судебных приставов (ФССП) по причине отсутствия у Вас имущества, на которое можно обратить взыскание (согласно п. 4 ч. 1 ст. 46 ФЗ «Об исполнительном производстве»). Если приставы уже закрыли производство по этому основанию, значит, они либо не нашли эти доли, либо сочли их неликвидными или защищенными законом. Наличие долей в этом случае не мешает подать на внесудебное банкротство.
Если квартира или дом (или их доли) являются Вашим единственным пригодным для проживания жильем, они защищены от взыскания по закону (ст. 446 ГПК РФ) и не будут изъяты ни приставами, ни при банкротстве (ни судебном, ни внесудебном). Использование маткапитала или госсертификата дополнительно усложняет продажу таких долей.
Попытка «избавиться» от долей (продать по заниженной цене, подарить) незадолго до банкротства может быть расценена как сокрытие имущества. Такие сделки могут быть оспорены, если впоследствии дело перейдет в судебную процедуру банкротства, что создаст Вам серьезные проблемы.

Не совершайте никаких сделок с долями. Ваша основная задача – убедиться, что в отношении Вас есть закрытое исполнительное производство по п. 4 ч. 1 ст. 46 ФЗ «Об исполнительном производстве» и нет новых открытых производств. Это главное условие для МФЦ. Наличие долей в единственном жилье этому не препятствует.