Положена ли мне ежемесячная надбавка в размере 15% от оклада воинской должности за особые условия военной

Здравствуйте, Мария! 

Да, положена.

Согласно Перечня отдельных воинских должностей специалистов медицинской службы в Особых условиях, при замещении которых военнослужащим по контракту устанавливается ежемесячная надбавка за особые условия военной службы, Приложения N 4 к Порядку обеспечения денежным довольствием… утвержденному приказом
Федеральной службы войск национальной гвардии Российской Федерации от 28.11.2020 N 472:

Военнослужащим по контракту, проходящим военную службу на воинских должностях специалистов медицинской службы в особых условиях, устанавливается ежемесячная надбавка за особые условия военной службы в соответствии с занимаемыми ими воинскими должностями в медицинских организациях, медицинских воинских частях и подразделениях:

...

4...

младших фармацевтов, старших фармацевтов, фармацевтов, начальников складов, кладовщиков, выполняющих обязанности по приемке, фасовке, хранению и отпуску микробиологических, иммунобиологических препаратов, дезинфекционных средств, — в размере 15 процентов оклада по воинской должности.

Если у Вас должность

фармацевт-начальник аптеки воинской части

 то основания должность у Вас фармацевт, дополнительная начальник аптеки, льготы предоставляются по основной должности, которая указана первой (по крайней мере в МО  РФ так).