Вопрос кто должен оплачивать ремонт если они хотят делать под себя, замена окон, межкомнатных дверей, двери туалет, ванная и входная дверь, заменить ванну на душевую кабину?

1. Если арендатор хочет сделать капитальный ремонт под себя
Арендодатель (вы) не обязан оплачивать замену окон, дверей, сантехники и другие улучшения, которые вы не планировали.
Арендатор может сделать ремонт за свой счет, но только с вашего письменного согласия.
Важно прописать в договоре:

Что ремонт выполняется за счет арендатора.
Что улучшения (окна, двери, душевая кабина) остаются в квартире после окончания аренды без компенсации (ст. 623 ГК РФ).
Запрет на демонтаж сделанного ремонта при выезде.
2. Если вы готовы участвовать в ремонте
Можно предложить компромисс:

Вы делаете косметический ремонт (шпаклевка, покраска, базовые условия).
Арендатор за свой счет меняет то, что ему нужно (двери, душевая кабина), но с вашим согласием на изменения.
3. Что делать, если арендатор настаивает на своем
Фиксируйте состояние квартиры до ремонта (фото/видео + акт приема-передачи).
Включите в договор пункт о возврате квартиры в исходное состояние (если арендатор захочет убрать свои улучшения).
Укажите запрет на перепланировку, если не хотите изменений (ст. 26 ЖК РФ).
4. Налоговый момент
Если арендатор вкладывает деньги в ремонт, эти затраты не считаются вашим доходом (письмо Минфина № 03-03-06/1/122).
Рекомендация:
Заключите письменный договор с подробным описанием условий ремонта, чтобы избежать споров. 

Вы не обязаны оплачивать ремонт, который не планировали.
Арендатор может делать его за свой счет, но только с вашего согласия и с условием, что все останется в квартире.