Нужно ли будет какой либо из сторон платить пошлину (налог)?

Здравствуйте, налог не нужно будет платить, так как вы близкие родственники. Нужно будет заплатить госпошлину за регистрацию имущества в Росреестре только (вашему сыну). 

Сын женат, половину стоимости квартиры мы дарим, вторую половину они нам постепенно возвращаем

 Как я понимаю, это устная договоренность? Если в договоре дарения квартиры указана вся квартира, то по закону он будет единственным собственником. 
Ст. 36 СК РФ: 

Имущество, принадлежавшее каждому из супругов до вступления в брак, а также имущество, полученное одним из супругов во время брака в дар, в порядке наследования или по иным безвозмездным сделкам (имущество каждого из супругов), является его собственностью.

Здравствуйте! Вы поднимаете важные и деликатные вопросы, давайте разберёмся по порядку.

Налог (пошлина) при дарении от родителей детям: при дарении квартиры близкому родственнику (а сын относится к близким родственникам по закону), налог на доходы (НДФЛ) не уплачивается. Также не уплачивается государственная пошлина за сам договор — только стандартная госпошлина за регистрацию права собственности в Росреестре (2 000 рублей), которую обычно оплачивает одаряемый.
Как юридически оформить ситуацию с половиной, за которую предполагается возврат денег: тут нужно быть очень аккуратным. Если вы просто оформите договор дарения на всю квартиру, то в случае развода вашего сына вся квартира может считаться совместно нажитым имуществом супругов (если не доказано иное), особенно если супруга будет в ней прописана или вложится в её ремонт.
Чтобы избежать этого и чтобы ваш сын мог подтвердить, что половина квартиры — это безвозмездно полученный подарок, вы можете сделать так:

Оформить два договора:

Один — договор дарения на 1/2 квартиры, в котором прямо указано, что эта доля дарится сыну от родителей. Это подтвердит безвозмездность передачи.
Второй — договор купли-продажи на вторую 1/2 квартиры. Там будет указано, что сын покупает у родителей за определённую сумму, которую может выплачивать частями (с расписками при каждой передаче денег, если не сразу). Этот договор нужно обязательно нотариально заверить, если квартира в долях (а в вашем случае так и будет — 1/2 дарится, 1/2 продаётся). Сын может изначально оформлять только на себя, чтобы жена не имела прав.
Важно: чтобы купленная половина не считалась совместно нажитым имуществом, желательно, чтобы оплата производилась из личных средств сына (например, накоплений до брака, подаренных ему денег и пр.), а в договоре была ссылка на это. Если деньги — общесемейные, то эта доля может быть признана совместной.

Если всё грамотно оформить, при разводе сын сможет доказать, что 1/2 он получил по договору дарения, а 1/2 приобрёл сам.

Если захотите, я помогу составить оба договора — с учётом вашей ситуации.

С наилучшими пожеланиями,
Хабас Феликсович.