Подскажите, если физическое лицо сдает нежилое помещение в аренду ИП, кто платит налоги и какой ст НК пользоваться?

Здравствуйте
В данном случае ИП является налоговым агентом, и он должен вам перечислять арендную плату за минусом НДФЛ. Руководствоваться следует статьей 226 НК РФ, а именно, ИП, от которых или в результате отношений с которыми налогоплательщик получил доходы, обязаны исчислить, удержать у налогоплательщика и уплатить сумму налога, с учетом предусмотренных особенностей. 
Сложно сказать, почему вас в налоговом органе проконсультировали по-другому. Может имелось в виду, что будет налог с доходов физических лиц, что действительно так.
То есть ИП удерживает налог с выплачиваемых вам доходов (исчисляет и платит налог в бюджет за вас в силу установленной обязанности).
Если бы вы сдавали ему жилое помещение, а физлицо со статусом ИП использовало его для личных, не коммерческих нужд, тогда бы вы самостоятельно уплачивали НДФЛ путем подачи декларации.
Рада ответить на Ваш вопрос!
Буду благодарна за Ваш положительный отзыв (+)
При необходимости дополнительной консультации, помощи в подготовке документов, Вы можете обращаться в чат.
С уважением, Екатерина