Нужно ли платить налог, если банк продал ипотечную квартиру за неуплату?

Здравствуйте ! 
Ваша ситуация требует детального анализа, но, вероятнее всего, требование налоговой о выплате НДФЛ неправомерно, если вы не получили дохода от продажи квартиры.
Если квартира была продана в рамках принудительного взыскания залога, а не по вашей инициативе, это не считается вашим доходом (п. 5 ст. 220 НК РФ).
Однако, есть ситуации когда налог платить вы будете обязаны, например :

Получен доход: Если квартира продана дороже остатка ипотеки, и разница перечислена вам.
Долг перед банком: 3 млн руб.
Квартира продана за 5 млн руб.
Доход = 2 млн руб. С этой суммы нужно заплатить НДФЛ (13% = 130 тыс. руб.).
Есть определение Верховного Суда №307-ЭС19-13289 (2019): Суд подтвердил, что при продаже залога банком НДФЛ начисляется только на сумму, превышающую долг заемщика.
С уважением, Евгений Игоревич !

Добрый день.

В соответствии с НК РФ, налоговый вычет в виде снижения реальной выгоды продавца квартиры применяется только если об этом заявит сам продавец.

Судя по Вашему рассказу, Вы не заявлялись сами в ФНС. ФНС видит продажу и начисляет налог. 

Напишите обращение в налоговую, приложите документы и обоснуйте, что выгоды не было (в т.ч.из-за того, что квартира была приобретена в ипотеку).

Скорее всего Вам начислят штраф в размере 1 тыс.руб. за несвоевременное информирование ФНС, но это лучше, чем Ваша текущая ситуация.