Сергей, добрый день.
Сейчас он записан в МФЦ на дактилоскопию и фотографирование.
Насколько понимаю, он оформляет заграничный паспорт содержащий электронный носитель информации, для чего и собирает биометрические сведения.
Порядок его оформления регламентирован приказом МВД России от 31.12.2019 N 996
«Об утверждении Административного регламента Министерства внутренних дел Российской Федерации по предоставлению государственной услуги по оформлению и выдаче паспортов гражданина Российской Федерации, удостоверяющих личность гражданина Российской Федерации за пределами территории Российской Федерации, содержащих электронный носитель информации»
в силу которого
43. Основаниями для отказа в приеме заявления и документов, необходимых для предоставления государственной услуги, являются:
43.5. Истечение срока действия основного документа, удостоверяющего личность заявителя, на дату принятия документов, необходимых для предоставления государственной услуги
44. Основаниями для отказа в приеме заявления, поданного в форме электронного документа с использованием Единого портала, являются:
44.2. Указание основного документа, удостоверяющего личность заявителя,с истекшим сроком его действия на дату подачи документов, необходимых для предоставления государственной услуги
Таким образом, главным условием подачи документов на получение заграничного паспорта, является указание или предоставление действительного основного паспорта гражданина РФ с неистекшим сроком его действия на дату обращения с заявлением.
На момент подачи заявления данное требование им соблюдено.
О соблюдении данного требования указывает получение уведомления о принятии заявления.
В силу приказа
175.9. При отсутствии оснований для отказа в приеме заявления статус этого заявления в личном кабинете заявителя на Едином портале обновляется до статуса «Принято».
В последующем замена основного документа, удостоверяющего личность (паспорта) не называется в качестве оснований отказа в прохождении процедуры оформления паспорта и отказа в его выдаче.
Поэтому проблем у него с получением заграничного паспорта в данном случае возникнуть не должно.