Налог рассчитали с разницы между суммами полученными за покупку и продажу (приобретала за 3 350 млн, продала за

Здравствуйте, Кристина!

Правы и юрист, и налоговая — но частично.
Вы действительно имеете право на налоговый вычет при продаже единственного жилья,
если соблюдены условия, но налоговая рассчитывает его иначе, чем думает большинство продавцов.

 
Разбор по сути:
Ситуация:
Квартира продана до истечения 3 лет владения (т.е. облагается НДФЛ);
Это было единственное жильё;
Сразу после продажи куплена другая квартира.
 
Положение закона:
Согласно п. 2.1 ст. 217.1 НК РФ, с 2020 года действует льгота при продаже единственного жилья,
если:

Квартира была в собственности не менее 3 лет,
ИЛИ
Квартира была единственным жильём и продавец в течение года до продажи или 90 дней после — купил новое жильё.
У вас — второй случай, так что вы вправе воспользоваться этой льготой.
Но важный нюанс:

Налог не отменяется полностью, если новая квартира дешевле проданной.
Он платится с разницы между ценой продажи старой квартиры и ценой покупки новой.
 
Как считается налог:
Продали за 5,95 млн ₽
Купили новую за 3,35 млн ₽
Разница: 2,6 млн ₽ — вот с этой суммы и рассчитывается 13% НДФЛ,
если льгота применяется по статье 217.1 НК РФ.
Юрист и риэлтор ошиблись, говоря, что налог берётся только с 900 тыс. — это не так.
ИФНС действует строго по НК РФ, и в вашем случае расчет налога — с 2,6 млн ₽ — законен.

 
Вывод:
— Налоговая права: налог считается с разницы между ценой продажи и ценой покупки нового жилья,
если применена льгота по продаже единственного жилья до 3 лет;
— Юрист и риэлтор ошиблись, упростив схему расчёта;
— Вы можете подтвердить своё право на льготу,
но сумма налога останется именно с разницы, а не с «остатка» от 5 млн.