И как нам делать налоговый вычет с такой расхождением суммы?

Здравствуйте
Получить вычет с суммы выше того, что есть в договоре купли-продажи (переход права собственности по которому регистрируется в органах Росреестра) не получится.
Налогоплательщик имеет право на получение имущественного налогового вычета в размере фактически произведенных налогоплательщиком расходов на приобретение недвижимости (пп. 3 п. 1 ст. 220 НК РФ). Он предоставляется в размере фактически произведенных налогоплательщиком расходов на покупку, не превышающем 2 000 000 рублей. При этом лицо, которое заявляется право на имущественный налоговый вычет, должно документально обосновать свои траты и размер такого вычета. В зависимости от ситуации предоставляются документы, которые подтверждают понесенные расходы. В вашем случае это будет договор. 
Уточните, как проходили расчеты с прежним собственником (акты, расписки, передача наличных, по счету)? Какие формулировки содержатся в самом кредитном договоре? Там имеется ссылка на согласованную стоимость кредита?
Без полного пакета подтверждающих документов вычет заявить в полном объеме не получится, при этом не должно быть между ними противоречий? Это в любом случае вызовет вопросы налогового органа.
В плане законности – не стоило подписывать такие документы прежде всего в силу того, что при оспаривании сделки, стороне возвращают сумму по договору. Кроме того, скорее всего такая «схема» потребовалась вашей стороне чтобы самим минимизировать свои налоги.
Рада ответить на Ваш вопрос!
При необходимости дополнительной консультации, помощи в подготовке документов, Вы можете обращаться в чат.
Если мой ответ оказался вам полезен, отблагодарить можно здесь: pravoved.ru/pay/lawyer-reward/id/4056309/
С уважением, Екатерина