Сын начал проходить комиссию для военкомата (у него есть отсрочка ), но комиссия затянулась, врач какая должна дать заключение ушла в отпуск

Его по телефону вызвали в военкомат и вручили там документы для прохождения комиссии

 Если он не давал письменного согласия на прохождение медицинского освидетельствования — то требования военкомата незаконны.

При наличии у него отсрочки его не имели права, тем более по телефону вызывать в военкомат.

В силу постановления Правительства РФ от 11.11.2006 N 663 «Об утверждении Положения о призыве на военную службу граждан Российской Федерации»

не подлежат вызову на мероприятия, связанные с призывом, в том числе медицинское освидетельствование граждане, имеющие отсрочку от призыва.

также в ст. 5.1 ФЗ «О воинской обязанности и военной службе» отмечено, что 

1.2.Медицинское освидетельствование граждан, подлежащих призыву на военную службу, имеющих основания для предоставления отсрочки от призыва на военную службу или право на освобождение от призыва на военную службу проводится по их заявлению

Таким образом, у военкомата нет правовых оснований требовать прохождения освидетельствования и предоставления его результатов.

В связи с этим

военкомат требует комиссию и грозится штрафом

Данные угрозы не основаны на законе и его не могут привлечь к ответственности в виде штрафа.

На этом основании есть смысл подать жалобу в вышестоящий военкомат (призывную комиссию) и обратиться с жалобой на проверку законности действий военкомата в прокуратуру.