А теперь мы хотим сдать кабинет в субаренду этому же ИП на осуществление стоматологической деятельности и дальнейшим получением лицензии на это ИП

Здравствуйте Вера.

Исходя из указанного следует, что  данный ИП является собственником указанного помещения. если Вы у него арендуете его.

Следовательно он уже имеет все права на него как собственник. и соответственно субарендатором являться не может, он уже Ваш Арендодатель.

Если это не та уточните.

Далее я продолжу в следующем ответе ниже.

Здравствуйте, Вера.

Согласно статье 615 Гражданского кодекса РФ (ГК РФ)

договор аренды может предусматривать право сдачи помещения в субаренду, если это прямо предусмотрено договором или согласовано с арендодателем.

В вашем случае — ООО арендует помещение у ИП. Для сдачи в субаренду необходимо:

Наличие соответствующего пункта в договоре аренды, разрешающего субаренду.
Получение согласия арендодателя (ИП), если договор прямо этого требует.

Если договор аренды позволяет сдавать помещение в субаренду, то сделать это законно.

 
Что касается законности осуществления стоматологической деятельности по лицензии ООО и передача ее ИП
Лицензирование медицинской деятельности:

Согласно Федеральному закону от 21 ноября 2011 г. № 323-ФЗ «Об основах охраны здоровья граждан в РФ» и постановлению Правительства РФ № 1102 от 30 декабря 2011 г., лицензия на медицинскую деятельность выдается конкретному юридическому лицу или индивидуальному предпринимателю (ИП), которая указана в лицензии.
Лицензия — это личная правообладателю документ, и она не может быть передана или переоформлена без согласия лицензирующего органа (Росздравнадзора).

Согласно статье 14 Федерального закона № 323-ФЗ, лицензию можно переоформлять только по согласованию с органом лицензирования — Росздравнадзор.
Передача лицензии другому юридическому лицу или ИП без соответствующей процедуры является незаконной.

В Вашем случае ООО имеет лицензию на медицинскую деятельность.
Вы хотите передать право осуществлять стоматологическую деятельность по этой лицензии ИП (тот же арендатор).
Это невозможно без переоформления лицензии, то есть без обращения в Росздравнадзор и получения нового свидетельства на ИП.
Соответственно, передача права осуществлять стоматологическую деятельность по вашей лицензии на ИП без переоформления — незаконна.

Для легальной деятельности необходимо:

Или оформить новую лицензию на ИП (или другое юридическое лицо),
Или переоформить существующую лицензию через Росздравнадзор, что возможно только при соблюдении требований законодательства.