Возможно ли будет оспорить данный штраф, если парковка была оплачена, но на 3 минуты позже (потребовалось долгое время на пополнение счета, т.к. Были проблемы в приложении "Парковки")

Доброго времени, Анатолий.

но на 3 минуты позже

     Согласно пункту 2.4 Правил пользования платными городскими парковками и размещения на них транспортных средств, а также порядка оплаты за размещение транспортных средств на платных городских парковках, утвержденных Приказом Департамента транспорта и развития дорожно-транспортной инфраструктуры города Москвы от 1 августа 2019 года N 61-02-343/9 «Об установлении размера платы за пользование платными городским парковками и утверждении правил пользования платными городскими парковками и размещения на них транспортных средств, а также порядка оплаты за размещение транспортных средств на платных городских парковках»

пользователь обязан в течение пяти минут с момента въезда на парковочное место начать парковочную сессию путем внесения платы за размещение транспортного средства на платной городской парковке одним из способов, указанных в пункте 2.3.1 настоящих правил.

Т.е. на оплату парковки отводится 5 минут.

 К тому же можно применить малозначительность, предусмотренную ст. 2.9 КоАП РФ и обжаловать постановление в срок 10 дней с даты его получения в суд либо вышестоящему должностному лицу либо в вышестоящий орган. 

Доброго времени суток

Оспорить постановление ГКУ АМПП вы вправе, о чем вам указано в самом постановлении. Обжаловать можете в порядке главы 30 КоАП РФ в вышестоящему должностному лицу или сразу в суд, что более целесообразно. На это у вас есть 10 суток с момента получения постановления.

С учетом приведенных вами документа имеются основания для обжалования. Тут надо ссылаться на малозначительность деяния, согласно ст. 2.9 КоАП РФ

КоАП РФ Статья 2.9. Возможность освобождения от административной ответственности при малозначительности административного правонарушения \ КонсультантПлюс

Судебная практика в целом, на вашей стороне. 

Суд разрешил прощать водителей за небольшое опоздание при оплате парковки — Российская газета